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bmd ENZYME - SUBSTRATE MOLECULAR MODELING AND DYNAMICS

1. Modelado del Sustrato

input: estructura química

output: estructura terciaria y potencial

1.a Estructura tridimensional: 2D a 3D

1.b Minimización estructural: ab initio

1.c Generación de valores para los parámetros del potencial: Cargas + LJ

Parametrización del sustrato

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2. Modelado de la Enzima

input: secuencia de amino ácidos

output: estructura terciaria y potencial

2.a por Homología

2.b de novo

2.c Reconstrucción de loops

2.d Generación de valores para los parámetros del potencial: Cargas + LJ

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3. Modelado del complejo Enzima-Sustrato

input: estructuras tridimensionales independientes

output: estructura tridimensional del complejo

3.a Acoplamiento Molecular Docking

3.b Energía Libre de Afinidad

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4. Construcción del sistema complejo Enzima-Sustrato en solución

input: estructura tridimensional del complejo

output: estructura tridimensional del complejo en solución equilibrado termodinámicamente

4.a Solvatación

4.b Neutralización (iones - sal)

4.c Minimización

4.d Equilibración NVT

4.e Equilibración NPT

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5. Dinámica Molecular del complejo Enzima-Sustrato y Análisis termodinámico

input: estructura tridimensional del complejo en solución

output: trayectoria de Dinámica Molecular

5.a Producción

5.b Análisis estructural