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Academic Research Kernel 2.1.0

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@xngg1021 xngg1021 released this 08 Oct 15:57
v2.1.0
f2cb5bb
This commit was created on GitHub.com and signed with GitHub’s verified signature.
GPG key ID: B5690EEEBB952194
Verified
Learn about vigilant mode.

Academic Research Kernel 2.1.0 — 本地 Agent 论文研究

给本地 Agent 一个 DOI、公开链接或本地资料包，并提出“研究这篇论文”，现在已有可重复使用的完整工作流：获取正文和附件，读取方法与主要数字，调用现有计算工具核对，保存研究状态，交付带原文位置的中文报告。也支持比较两篇论文，逐项说明数据、方法、参数、指标和评估条件是否一致。

The new portable paper-research skill turns a paper reference into a source-linked research report. Your current local agent performs semantic reading; the installed program handles acquisition, typed/source validation, existing statistical recomputation, persistent provenance and Markdown/HTML/JSON output. It requires no additional model account.

使用入口

面向 Python 3.10–3.14 的安装与正式技能导出入口：

uv tool install 'academic-research-kernel[research]==2.1.0'
academic-research-kernel research skill --output ./agent-skills/paper-research

让兼容本地 Agent 读取导出的 SKILL.md，提供论文并说：

研究这篇论文及其补充材料，整理方法，核对能重算的关键数字，给我一份带出处的中文报告。

或：

比较这两篇论文的数据、方法、评估条件和主要结果，说明哪些结果可以直接比较。

Agent 内部使用已经实现的 research prepare、finish、compare 完成工作。research replay 从已保存原始资料和候选快照进行离线确定性重放；独立 CLI 的准备步骤会明确等待语义生产者。现有 doctor、mcp 和 12 个公共 MCP 工具保持兼容，新增 MCP 工具数为 0。CLI/技能工作流与 MCP 工具清单分别描述。

仓库及 portable plugin 现有 14 个技能、26 份 schema；wheel 随附 paper-research 技能与契约，导出时带上三个规范 schema。PDF 的可选 [research] 依赖固定为 pypdf==6.19.0 和 fonttools==4.65.0。HTML/XML 和有界 DOCX/XLSX 读取使用标准库，基础 MCP 安装范围没有扩大。

本次实际研究了什么

论文 实际产出与核对
职业自行车手与心理疲劳，PLOS ONE 2016 正文与两份 XLSX 附件；34 个已提取字段，1 项均值/SD/n 效应量计算
安慰剂建议与 Stroop 冲突，PLOS ONE 2013 正文与四份 DOCX 附件；73 个已提取字段，6 项计算、4 项报告值比较，发现 1 项报告精度差异
ResNet，CVPR 2016 数字 PDF、作者 arXiv v1 独立附录和固定 commit 必要代码；39 个已提取字段，核对方法与评估条件
DenseNet，CVPR 2017 经干净安装、导出技能和新上下文读取完成留出案例；72 个已提取字段及单独标注的描述算术

交付包含四份中文 Markdown/HTML 报告、提取与计算 JSON，以及一份 ResNet–DenseNet 12 维比较报告。本次任务的完整报告、原始资料、来源 manifest 和定位页面保存在本地 outputs/research/，总入口为 index.html / index.md；大型原始论文及工作目录未进入发行包。公开仓库提供具体验收说明。

实际发现：Stroop 正组所报 t(14)=-1.98, p=.035 按其明确单尾方法及 df=14 重算为 p=0.0338541638013414，三位小数为 .034。原始 df 与 df=13 的条件敏感性结果分开保存，未改写作者数字。

比较报告对齐 ImageNet 10-crop 验证口径后，保留 ResNet-152 的 21.43%/5.71% 与 DenseNet-201 的 21.46%/5.54% top-1/top-5 错误率，并具体指出训练、容量与重复次数差异。单裁剪、多尺度、集成和不同分析集结果分别处理。

验证与修复

  • 最终字体固定候选：仓库外原始 sdist 1,312 项测试通过、41 个独立可执行围栏通过；静态 QA、i18n 哈希、非 editable wheel/sdist 安装、干净缓存 uvx 及 CPU torch 路径通过。
  • 独立原文复核 115 项关键字段、274 处原文引用、11 项独立数值判据；直接检查 2,100 个本地链接、23 个原始文件哈希、36 项保存产物哈希，均通过。复核限于记录的字段与来源，未宣称逐句验证整篇或换用不同模型。
  • 人工变异覆盖 p 值精度、计数分母、SD/SE/单位、正文附件冲突、同名不同组、缺失附件、损坏文件和失效定位；另验证中断恢复、重复运行、材料/依赖变化失效和离线快照重放。
  • 留出反馈修复了数字句末点、PDF 千分位空格、双栏连续引文与跨环境 CFF 字体解码。实际解析依赖和计算依赖纳入结果身份；原始失败保留，修复后的留出明确属于反馈回归。
  • PyPI action 临时文件在发布后验收时与源码隔离：使用固定发布 commit 的独立干净 worktree，保留 clean-source、main 谱系、annotated tag、commit/tree、清单及哈希门禁。上传恢复仅补缺失且字节一致的文件。

ML 案例复核方法、表格和条件，未重训模型；作者代码仅静态读取。缺失原始错误计数或重跑分布时，报告不制造统计检验或不确定度。本机验证为 Windows，其他平台结果依据本轮实际托管 CI 单独记录。

发布状态与回执

PR #17 已普通 merge，2.1.0 三个正式渠道均发布并回读通过：
GitHub Release、PyPI 2.1.0、MCP Registry exact 2.1.0（active、latest，指向 PyPI 的确切版本）。

正式 commit：f2cb5bb790ebc813c56d98afd2c37040f2274a11；tree：c8b9d8d310bac3084d4e5385aa6995b70b0d46fa；annotated tag v2.1.0 object：e44ee5620ffd24dd885ba9bd7550032c0245902e。开发候选 commit：32ca2462f2928ee801e762e4442a931c39625d0e。

候选 CI（37801613179）19 项适用工作成功；合并后 main CI（37802682831）20 项全部成功。正式 clean 源码包重新构建后通过 1,312 项测试、41 个独立可执行围栏，静态 QA/i18n、非 editable wheel/sdist 安装和干净缓存 uvx 均通过。

  • academic_research_kernel-2.1.0-py3-none-any.whl：SHA-256 4d9ba2e1e411267040776b2dc5857b9bf5044d550801b3b31af143f4699fa646，211017 bytes。
  • academic_research_kernel-2.1.0.tar.gz：SHA-256 f4092a1edda7b8bed29bf160242c993cb0174328d041ec4ccb4c2dbcf9f23f8d，1091110 bytes。

GitHub 五个冻结资产均实际下载并与本地 SHA-256/大小一致；PyPI 两包与同一冻结字节一致。公开 [research]==2.1.0 干净安装通过原有 12 工具、26 schemas、61 个已安装文件字节、portable skill 和三个新增 schema 字节检查。无新增 MCP 工具；分发包含 14 个 skills。

公开安装已从真实 Stroop 原始资料和保存的语义快照完成 6 项计算、中文报告及重复复用；该部分明确属于确定性重放。另一个新上下文按正式分发 skill 重新阅读 cycling 原文，完成 89 项实际提取字段、186 处原文引用、1 项现有统计工具真实计算及 Markdown/HTML 报告；另一独立上下文的原文复核状态为 passed，参考答案未进入生产者输入。

发布恢复保留真实失败：首次 PyPI run 37805099592 已成功上传两包，但即时干净缓存解析尚看不到确切版本，整次 run 因此失败。回读确认远端哈希/大小相同后，verify-only run 37805532676 成功，上传步骤 skipped、0 个文件再次上传。MCP publisher 首次缺登录；通过既有合法 GitHub CLI 身份执行官方 login github，随后独立 publish 返回 0，确切版本回读 active/latest。认证回执已脱敏。

完整可复查的本地发布回执：outputs/handoff/publication-receipt.json。正式 manifest、tag、源码及五个资产保持冻结，最终渠道状态记录在此外部回执。

English: Version 2.1.0 is published and verified on GitHub, PyPI and the official MCP Registry. All five GitHub assets and both PyPI packages match the frozen release bytes. Exact-head candidate/main CI, clean wheel/sdist/uvx acceptance, public installation, a fresh Agent original-source reading, and a separate independent review passed. The initial PyPI index propagation failure was recovered with verify-only and zero re-upload; official Registry authentication was recovered before the successful separate publish.

Assets 7
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