CLI Reference

命令行参考

全局选项

所有命令支持以下全局选项：

linxira-bio [OPTIONS] <COMMAND>

选项	说明
--json	以 JSON 格式输出结果
--help	显示帮助信息
--version	显示版本号

命令分组

environment — 环境管理

linxira-bio environment audit --json     # 检测本地环境
linxira-bio environment plan <profile> --json  # 生成安装计划
linxira-bio environment apply <profile> --json # 安装缺失工具

sequence — 序列操作

linxira-bio sequence stats <input.fa> --json
linxira-bio sequence extract <input.fa> --json
linxira-bio sequence translate <input.fa> --json
linxira-bio sequence reverse-complement <input.fa> --json
linxira-bio sequence kmer-count <input.fa> --json
linxira-bio sequence filter <input.fa> --json
linxira-bio sequence merge <input1.fa> <input2.fa> --json
linxira-bio sequence split <input.fa> --json
linxira-bio sequence id-normalize <input.fa> --json

fastq — FASTQ 处理

linxira-bio fastq qc <reads.fastq> --json
linxira-bio fastq trim <reads.fastq> --json
linxira-bio fastq adapter <reads.fastq> --json
linxira-bio fastq deduplicate <reads.fastq> --json

alignment — 比对分析

linxira-bio alignment qc <alignment.sam> --json
linxira-bio alignment bam-cram-qc <alignment.bam> --json
linxira-bio alignment coverage <alignment.bam> --json
linxira-bio alignment short-read <ref.fa> <reads.fastq> --json

annotation — 注释分析

linxira-bio annotation gxf-stats <annotations.gff> --json
linxira-bio annotation gene-position <annotations.gff> --json
linxira-bio annotation gene-density <annotations.gff> --json

variant — 变异分析

linxira-bio variant stats <variants.vcf> --json
linxira-bio variant filter <variants.vcf> --json
linxira-bio variant normalize <variants.vcf> --json
linxira-bio variant compare <v1.vcf> <v2.vcf> --json

interval — 区间操作

linxira-bio interval intersect <a.bed> <b.bed> --json
linxira-bio interval merge <intervals.bed> --json
linxira-bio interval subtract <a.bed> <b.bed> --json
linxira-bio interval closest <a.bed> <b.bed> --json

expression — 表达分析

linxira-bio expression matrix-qc <matrix.tsv> --json
linxira-bio expression pca <matrix.tsv> --json
linxira-bio expression differential <matrix.tsv> --json

enrichment — 富集分析

linxira-bio enrichment go <genes.tsv> --json
linxira-bio enrichment kegg <genes.tsv> --json
linxira-bio enrichment gsea <genes.tsv> --json

structure — 结构分析

linxira-bio structure pdb <structure.pdb> --json
linxira-bio structure mmcif-summary <structure.cif> --json
linxira-bio structure superpose <ref.pdb> <mobile.pdb> --json

phylogeny — 系统发育

linxira-bio phylogeny tree-plot <tree.nwk> --json
linxira-bio phylogeny tree-normalize <tree.nwk> --json

export — 数据导出

linxira-bio export table <result.json> <output.xlsx>
linxira-bio export table <result.json> <output.csv>
linxira-bio export table <result.json> <output.tsv>

输出格式

所有命令使用 --json 时输出结构化 JSON：

{
  "schema_version": "1",
  "job_id": "auto-generated",
  "capability": "sequence.stats.v1",
  "status": "ok",
  "result": { ... },
  "warnings": []
}