Skills

技能包 (Skills)

skills/ 是面向 agent 的可执行程序化技能,每个技能绑定一个或多个版本化能力,由 skill-pack.json 作为导入边界供 agent 运行时(Codex、OpenCode、linxira-skills)安装。共 35 个技能。

路由与选择

• route-bio-analysis — 将生物学分析请求路由到已验证的 Linxira Bio 能力与精确执行技能(agent 分析的入口)
• select-bio-execution — 选择并治理本地 CPU、本地 GPU、HPC、云或认证浏览器执行
• configure-bio-environment — 审计并准备本地生信软件环境

序列与 FASTQ

• analyze-sequence-statistics — FASTA/装配确定性统计 (sequence.stats.v1)
• manipulate-biological-sequences — FASTA 提取/过滤/反向互补/翻译/ORF/合并/拆分/表互转/k-mer/一致序列/洗牌
• process-fastq-reads — 修剪/去接头/去重/抽稀 (fastq.trim.v1、fastq.adapter.v1、fastq.deduplicate.v1)
• analyze-fastq-quality — FASTQ 质量指标 (fastq.qc.v1)
• inspect-bio-dataset — 数据识别/校验/安全预览 (dataset.inspect.v1)

比对与注释

• analyze-sam-quality — SAM 质量、BAM/CRAM 质量/覆盖度、短读比对
• analyze-genome-annotations — GFF3/GTF 统计、归一化、位置表、基因密度、参考引导提取
• analyze-variant-statistics — VCF 统计/过滤/归一化/转表
• intersect-genomic-intervals — BED 交集/合并/差集/最近区间
• align-biological-sequences — MUSCLE 5 多序列比对与 trimAl 修剪

结构

• analyze-pdb-structure — PDB 汇总 + AlphaFold pLDDT (structure.pdb.summary.v1)
• analyze-coordinate-structures — mmCIF 汇总、坐标序列、残基接触、几何、结构叠加
• visualize-bio-results — 注释/富集/蛋白结构域 SVG 图 + 交互式结构查看器
• analyze-protein-properties — 蛋白 FASTA 理化性质
• analyze-protein-domains — InterProScan/HMMER 结构域解析

表达与富集

• analyze-expression-matrix — 矩阵 QC、归一化、PCA、聚类、热图
• analyze-differential-expression — 本地 bulk RNA-seq 差异表达(研究用途入口)
• analyze-functional-enrichment — GO/eggNOG 归一化 + 自定义/GO/KEGG 富集 + GSEA
• analyze-set-overlaps — 精确 Venn 与 UpSet 分析
• manipulate-bio-tables — CSV/TSV 表筛选/整形/导出 (table.manipulate.v1)
• export-bio-table — 导出 CSV/TSV/JSON/JSONL/XLSX (table.export.v1)

相似性 / 进化 / 基序

• analyze-sequence-similarity — 本地 BLAST+ / DIAMOND / HMMER + 结果解析 + 最佳互配
• analyze-comparative-genomics — 共线性推断、Ka/Ks、同线性可视化
• transform-phylogenetic-trees — IQ-TREE 推断、Newick 归一化/标注/重根
• analyze-sequence-motifs — MEME de novo 基序发现与 MAST 扫描

医学组学 (研究用途)

• analyze-metagenomics — Kraken2 分类与丰度表 (metagenomics.classify.v1)
• analyze-microbiome-diversity — Kraken2 + α 多样性(Shannon、均匀度)
• analyze-pharmacogenomics — PGx 星号等位基因解读 (GRCh38 离线表)
• analyze-spatial-transcriptomics — 10x 稀疏矩阵汇总与条形码排名
• analyze-survival-data — Cox 比例风险模型(研究用途)
• analyze-metabolomics-peaks — mzML 质谱峰值检测(研究用途)
• analyze-molecular-descriptors — RDKit 理化描述符 (SDF→TSV)

安装与验证

技能包经 skill-pack.json 描述,仓库校验(scripts/validate-repository.py)强制每项技能的文档、目录与能力契约一致;scripts/smoke-agent-installs.sh 验证 Codex/OpenCode 可导入全部技能。