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所有里程碑均合并到 main、打 tag 并触发三平台自动发布(Windows / Debian / Arch)。

v1.0.0 (当前)

纯本地能力里程碑:本地完成全部规划能力,云端/GPU 保持计划。

• 六项规划能力全部可用+可安装:
  • medical.pharmacogenomics.v1 — PGx 星号等位基因解读(GRCh38 离线表,纯 Rust)
  • medical.spatial-transcriptomics.v1 — 10x 稀疏矩阵汇总(纯 Rust)
  • medical.microbiome.v1 — Kraken2 分类 + α 多样性(纯 Rust)
  • medical.survival.v1 — Cox 比例风险模型(R 包,CRAN 哈希锁)
  • medical.metabolomics.v1 — mzML 质谱峰值检测(纯 Rust;XCMS 等价的本地实现)
  • chemistry.descriptors.v1 — RDKit 理化描述符(Python 包,PyPI 哈希锁)
• UI 视觉打磨(apps/linxira-bio-ui)
• 文档站点生成器 scripts/gen-docs-site.py(213 文件静态站点)
• P2.5 拆分就绪检查(methods 树与 core 树自包含,白名单制)
• 目录:115 能力 / 35 技能 / 5 工作流包

v0.3.0

• metagenomics.classify.v1 — Kraken2 分类与丰度表(黄金测试)
• 可续跑工作流清单(resume schema、完成态重放、输出目录保护)
• 容器执行模式(docker/podman 探测、路径重映射、确定性 stub 测试)
• P2.3 清单声明的执行契约(数据驱动加载)
• P2.4 GUI 文档运行时(LINXIRA_BIO_DOCS_ROOT + 嵌入快照 + 新鲜度检查)

v0.2.0

• P2.1 core_compatibility 版本契约(清单 schema v2、worker/CLI 拒绝不匹配、信封注入核心版本)
• P2.2 运行时目录(LINXIRA_BIO_WORKFLOW_ROOT 相对 + 嵌入回退)
• Agent 工具链冒烟:Codex + OpenCode 全技能安装端到端;MCP stdio 冒烟

v0.1.x (基线)

• v0.1.1:预发布基线,本地核心能力集
• v0.1.0:初始可用

路线

• Phase 4(物理拆分):core 树与 methods 树物理分离,拆分就绪检查已内建(P2.5)
• Python SDK:CLI 契约稳定后发布;MCP:能力与结果 schema 稳定后发布(当前 MCP 服务器已可用)