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Linxira Bio SDK — 使用指南

欢迎使用 Linxira Bio SDK！这是一个本地优先、agent 原生(agent-native)的生物信息学分析平台,提供 115 项版本化能力(112 可用、2 计划中、1 实验性)、35 个 agent 技能包与 5 个可安装工作流包,覆盖序列、结构、表达、变异、比较基因组、医学组学等全流程。v1.0.0 为纯本地能力里程碑:除云端/GPU 外,全部能力本地执行。

快速开始

# 1. 环境检测
linxira-bio environment audit --json

# 2. 序列统计
linxira-bio sequence stats sequences.fa --json

# 3. FASTQ 质量控制
linxira-bio fastq qc reads.fastq --json

# 4. 导出结果
linxira-bio export table result.json result.xlsx

支持平台

• Windows (x86_64)：主要桌面平台
• Debian (bookworm, x86_64)：兼容性提供者
• Arch Linux (x86_64)：当前平台提供者
• macOS 暂非测试/打包目标;WSL Debian 为旧组件兼容提供者,WSL Arch 为当前平台提供者

能力目录

115 项能力按域分组,见 Capabilities;完整命令行见 CLI-Reference。每个能力遵循 <domain>.<verb>.v1 契约,同一契约贯穿 CLI、worker、MCP、GUI 与 SDK。

输出格式

所有分析结果均为结构化 JSON(带版本化信封),支持导出为 CSV、TSV、JSON、JSONL、XLSX。

桌面应用

包含原生 Rust 桌面应用 (linxira-bio-ui,无 WebView),4 步分析工作流、中英文切换、交互式 3D 结构查看器,见 Desktop-App。

Agent 集成

内置助手遵循受约束的 6 步工作流,可经 MCP 接入 Codex / OpenCode 等外部 agent,见 Agent-Integration。

相关链接

• GitHub 仓库
• 官网
• 能力文档
• Linxira-OS 组织