Capabilities

分析能力一览

Linxira Bio SDK 提供 50+ 种分析能力，按类别分组如下。

序列分析

能力 ID	说明	命令
sequence.stats.v1	序列统计（长度、GC、N50）	linxira-bio sequence stats <input> --json
sequence.extract.v1	按 ID 或区域提取序列	linxira-bio sequence extract <input> --json
sequence.translate.v1	核苷酸翻译为蛋白质	linxira-bio sequence translate <input> --json
sequence.reverse-complement.v1	反向互补	linxira-bio sequence reverse-complement <input> --json
sequence.kmer.count.v1	K-mer 频率统计	linxira-bio sequence kmer-count <input> --json
sequence.filter.v1	按条件过滤序列	linxira-bio sequence filter <input> --json
sequence.merge.v1	合并多个 FASTA	linxira-bio sequence merge <inputs> --json
sequence.split.v1	拆分 FASTA 文件	linxira-bio sequence split <input> --json
sequence.id.normalize.v1	序列 ID 规范化	linxira-bio sequence id-normalize <input> --json
primer.epcr.v1	电子 PCR 引物搜索	linxira-bio primer epcr <input> --json

FASTQ 处理

能力 ID	说明
fastq.qc.v1	质量控制（质量分数、碱基含量）
fastq.trim.v1	按质量分数修剪读段
fastq.adapter.v1	接头检测与去除
fastq.deduplicate.v1	PCR 去重

比对分析

能力 ID	说明
alignment.qc.v1	SAM/BAM 比对质量统计
alignment.bam-cram-qc.v1	BAM/CRAM 质量、覆盖度
alignment.coverage.v1	覆盖度分析
alignment.short-read.v1	短读段比对

注释分析

能力 ID	说明
annotation.gxf.stats.v1	GFF3/GTF 注释统计
annotation.gene-position.v1	基因位置表提取
annotation.gene-density.v1	基因密度分析
annotation.gxf.normalize.v1	GFF3/GTF 规范化

变异分析

能力 ID	说明
variant.stats.v1	VCF 变异统计
variant.filter.v1	按条件过滤变异
variant.normalize.v1	变异规范化
variant.compare.v1	变异比较

区间操作

能力 ID	说明
interval.intersect.v1	BED 区间交集
interval.merge.v1	BED 区间合并
interval.subtract.v1	BED 区间差集
interval.closest.v1	最近区间查找

表达分析

能力 ID	说明
expression.matrix.qc.v1	表达矩阵 QC
expression.pca.v1	主成分分析
expression.clustered-heatmap.v1	聚类热图
expression.differential.v1	差异表达分析 (DESeq2)

富集分析

能力 ID	说明
enrichment.go.v1	GO 富集分析
enrichment.kegg.v1	KEGG 通路富集
enrichment.gsea.v1	基因集富集分析 (GSEA)

序列相似性

能力 ID	说明
similarity.blast.v1	本地 BLAST+
similarity.diamond.v1	DIAMOND 蛋白搜索
similarity.hmmer.v1	HMMER 搜索
similarity.reciprocal-best.v1	双向最佳匹配

多序列比对

能力 ID	说明
alignment.muscle.v1	MUSCLE 5 多序列比对
alignment.trimal.v1	trimAl 修剪

蛋白质分析

能力 ID	说明
protein.properties.v1	物理化学性质
protein.domains.v1	结构域解析 (InterProScan)

结构分析

能力 ID	说明
structure.pdb.summary.v1	PDB 结构摘要
structure.mmcif.summary.v1	mmCIF 结构摘要
structure.superpose.v1	结构叠加
structure.contacts.v1	残基接触分析
structure.geometry.v1	结构几何分析

系统发育

能力 ID	说明
phylogeny.tree.visualize.v1	系统发育树 SVG 渲染
phylogeny.tree.normalize.v1	Newick 规范化
phylogeny.tree.reroot.v1	单叶重定根

比较基因组

能力 ID	说明
comparative.dotplot.v1	K-mer 基因组点图
comparative.synteny.v1	共线性推断
comparative.kaks.v1	Ka/Ks 估算

RNA 分析

能力 ID	说明
rna.secondary-structure.v1	RNA 二级结构预测 (RNAfold)

集合分析

能力 ID	说明
set.venn.v1	韦恩图分析
set.upset.v1	UpSet 交集可视化

基序分析

能力 ID	说明
motif.meme.v1	MEME 从头基序发现

可视化

能力 ID	说明
visualize.enrichment.v1	富集分析 SVG 图
visualize.protein-domain.v1	蛋白质结构域 SVG 图
visualize.annotation-structure.v1	注释结构可视化
visualize.motif.v1	基序可视化

数据导出

能力 ID	说明
export.table.v1	结果表导出（CSV/TSV/JSON/JSONL/XLSX）