FAQ

常见问题

安装与环境

Q: 支持哪些操作系统？

Windows (x86_64)、Debian bookworm (x86_64)、Arch Linux (x86_64)。macOS 目前不是测试或打包目标。

Q: 需要安装 Rust 吗？

如果从源码构建，需要 Rust 1.80+。如果下载预编译的 release 二进制文件，不需要安装 Rust。

Q: 需要安装 Python/R/Java 吗？

基础分析能力（序列统计、FASTQ QC 等）不需要。某些高级分析（如差异表达分析需要 R/DESeq2）需要对应的运行时。

Q: 如何安装缺失的工具？

linxira-bio environment plan scripting --json
linxira-bio environment apply scripting --json

使用

Q: 支持哪些输入格式？

• FASTA (.fa, .fasta, .fna)
• FASTQ (.fq, .fastq)
• GFF3/GTF (.gff, .gtf)
• VCF (.vcf)
• BED (.bed)
• CSV/TSV (.csv, .tsv)
• PDB (.pdb)
• mmCIF (.cif)
• Newick (.nwk, .tree)
• 以及 gzip 压缩 (.gz)

Q: 结果可以导出为什么格式？

CSV、TSV、JSON、JSONL、XLSX。

Q: 如何查看帮助？

linxira-bio --help
linxira-bio sequence stats --help

Q: 支持批量处理吗？

支持。可以通过脚本循环调用 CLI 命令，或使用 sequence.merge.v1 合并多个文件后分析。

桌面应用

Q: 桌面应用和命令行的区别？

桌面应用提供图形化界面，适合初学者和交互式探索。命令行适合自动化和批量处理。两者共享相同的分析引擎。

Q: 桌面应用支持哪些平台？

Windows 是主要桌面平台。Linux 上也可以运行。

Q: 结构查看器能做什么？

支持 3D 旋转、缩放、残基选择、距离测量、AlphaFold pLDDT 着色、截图导出。

开发

Q: 如何贡献？

1. Fork 仓库
2. 创建功能分支
3. 运行 cargo fmt --all -- --check && cargo clippy --workspace --all-targets -- -D warnings && cargo test --workspace
4. 提交 Pull Request

Q: 许可协议是什么？

AGPL-3.0-or-later。详见仓库中的 LICENSE 文件。

Q: 第三方依赖的许可？

完整的第三方依赖许可信息请参阅仓库中的 THIRD_PARTY.md 文件。