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Glyco
- CAZy schema
- update CAZy schema 2018-12-13
- Example of SPARQL Query
prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix up: <http://www.purl.uniprot.org/core/>
prefix cazy: <http://www.cazy.org/owl/v1>
SELECT distinct ?cazy ?label ?comment ?organism ?mechanism
FROM <http://rdf.glycoinfo.org/cazy>
WHERE {
?cazy dcterms:identifier "CAA30801" .
?cazy skos:altLabel ?label .
?cazy rdfs:comment ?comment .
?cazy rdfs:seeAlso ?db .
?cazy up:organism ?o .
?o up:name ?organism .
?cazy up:annotation ?f .
?family cazy:hasReportedFunction ?f .
?family cazy:hasMechanism ?mechanism .
}
https://docs.google.com/document/d/1BrJYApnHJOJ2VCY3FGlr_A3glyVvrIHCm6mLgXhUoiw/edit?usp=sharing
Renji(12/10 now): 糖鎖構造JSON の変更。 DrawRINGS2内での、JSONパースとデータ構造変換
user -> Webサーバ(ｓｖｇ converter) -> Webサーバ(glycan format converter)
user <- Webサーバ(ｓｖｇ converter) <- Webサーバ(glycan format converter)???
- 12/11: JSONをパースする処理の実装と、それに伴うJSONの構成の改善
- Glycan compositionのJSON案の作成
- Renji: 最終的には、DrwRINGS2上で普通の糖鎖構造、フラグメント構造のSVGを出力できるようにした。Repeat構造、Cyclic構造、Bridge構造はまだ。 nodeJSでWebサーバの立ち上げることはできた。JavaScriptのES6をnodejs上から呼び出せるようにbabelを使用したトランスパイルを試している途中
Pathwayページの更新
- テスト環境pathways/indexを更新
- treeviewにdragとzoomの機能を追加
- treeviewのパスウェイ名にカーソルを合わせるとReactomeのSummationと該当のReactomeのページへのリンクを表示
- RDFとSPARQLの勉強をした
- MCAWのRDF構成を決めて、図を作成し、主語と目的語のURIを作成中
RDF構成図はhttps://drive.google.com/file/d/1ms5rJIjHGqb01ec91K60OJTei7IFCBf0/view?usp=sharing
- HEKの糖鎖合成経路の整理 (Akase)
- RDF作成 (Akase)
- Reactomeの「Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein」パスウェイについて、controllerのタンパク質に発現量の情報を繋げたRDFを作成した。
- endpoint : https://test.ts.glycosmos.org/sparql
- Sample SPARQL Query
prefix MGED:<http://mged.sourceforge.net/ontologies/MGEDOntology.owl#>
prefix sio:<http://semanticscience.org/resource/>
SELECT DISTINCT *
WHERE {
?protein MGED:has_result ?result .
?result sio:SIO_000216 ?MeasurementValue .
?MeasurementValue sio:SIO_000300 ?m_value .
}
-
Ontology作成 (Tamiko)
- Reactomeのタンパク質から発現量をつなげるためのOntologyを作成した。
- schema
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Sparqlist作成 （Tamiko）
- SPVで糖鎖合成経路を描画するためのパラメータを取得するSparqlistを作成。
- pathway_viewer_SPV_glycan
- Example REST of GlycoCT to WURCS
- http://wurcs-wg.org/tool/converter/glycoct/wurcs.json?glycoct=RES%0d%0a1b%3aa-dara-HEX-2%3a6%7c2%3aketo%0d%0a2b%3aa-dglc-HEX-1%3a5%0d%0aLIN%0d%0a1%3a1o%283%2b1%292d
WURCSに変換してGlyTouCanからAccession numberを得ることに成功した. Document
12/12 GlycomeAtlasのAccession numberが登録されていないエントリーにナンバーを定義した.
- Ma3(Ma3(Ma6)Ma6)Mb4GNb4GNb;N
- Ab4GNb3Ab3ANa;S/T
- Ma2Ma6M[2PE]a4Ua#6Ino(acyl)P
- Mb4GNb4GNa#PPDol
";" → アミノ酸1文字表記
":" → LinearCode形式の脂質表記
"#" → その他グリコシドなど（パターンは無限にあると思います…）
- GlycanFormatConverterのAPI化
- 変換時の環境を出力する処理の実装
テキスト変換後に, 入力されたテキスト, 入力されたテキストの形式, コンバーターのバージョンを出力する.
ユーザーが変換処理を利用して何か問題が発生した場合に, コンバーターの環境がすぐに参照可能な状態にする.
12/12
GlycanFormatConverterをAPI化するためのフレームワークの雛形を作成した.
何を参考にするかよくわからないため, Spring bootの勉強を行いながら実装をする.
localhostで変換したい文字列を指定し, 任意のテキスト形式へ変換することに成功した.
12/13
LCのアグリコンのパースを行う.
GlycanFormatConverterにおいてアグリコンを定義する.
この値はJSONでも扱えるようにする.
APIをConverter-apiと名付けてプッシュした. Document
12/14
Converter-apiの実行環境などを調整してもらい, GitLabでビルドを行った.
テスト環境でのデプロイに成功したため, 変換ツールのAPIの公開に(恐らく)成功した.
時間の都合上GitLabのドメインにアクセスして実行可能か試していないが, localhostでのテストに成功したため問題はなさそう.
MAP strings with two of multiple connecting point with backbone of monosaccharide residue has some problem the position was not determined. This causes the many writing methods of WURCS for the same structure of glycan. this problems are solved in this Hackathon. For the open chain symmetric residue such as glycerol often the reverse the order of backbone carbon. When the reverse procedure, wrong reverse the arrow from a backbone to a leaf modification. thus the procedure is corrected. The made corrections was reflected to the master branch of the WURCSFramework 0.0.8 version in this Hackathon.
https://gitlab.com/glycosmos/miura-problems/issues/7
We designed WURCS validator to remove wrong WURCSs when those are reposited or already in GlyTouCan. WURCSFramework were utilized in the validator. Validations ware made in procedure of Standardization of WURCS string. if no error in the validation the validation method is return Standardized WURCS string, otherwise return Error number and some information related to the wrong part or WURCS.
The WURCS validator named WURCSGraphStandardization.java which use the classes below:
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WURCSImporter: import and parse WURCS strings.
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ArrayToGraph: convert the parsed WURCS data to structured test format called WURCS “array”
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WURCSGraphToArray: convert the WURCS “array” to the data with graph structure called WURCS “graph”.
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WURCSGraphNormalizer: Normalize the graph. Normalizer examine the root residue of the tree structure of glycan, or expanding the repeat structure etc.
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WURCSGraphToArray: Normalized WURCS “graph” are traversed and determined the priority of branches or residues order etc. finally, WURCSGraphToArray make WURCS “array” and the standadized WURCS string.
In addition, Error messages are collected in a Error message corresponding to Error code are in new class of WURCSError (tentative).
Another impotant validation of WURCS strings is to compare the inputted WURCS string and Standarized WURCS string. Then we also developed the two Graph made by these WURCS strings are compared and judged whether these are same.
参考
Tuesday:
- created GlycomeAtlas version that can take as input: species, tissue and (LinearCode or GlyTouCan ID)
- looked into BioJS but found that the current Javascript code is not very web component friendly
- considering a hack to use in GlyCosmos
Wednesday:
- because of the dependency on jQuery, decided to just make GlycomeAtlas a GitLab Pages with CI
- DONE!! e.g. http://glycomeatlas.glycosmos.org/?GTC=G59522PY&species=Human&tissue=Lung
- Now GlyCosmos just needs to be updated to link to glycomeatlas.glycosmos.org.
https://gitlab.com/glycosmos/glycan-composition-to-wurcs-string/blob/master/README.md
https://ncompo2wurcs.glycosmos.org/Ncomp2wurcs?hex=2&hexnac=2&fuc=1&neuac=2&neugc=0&core=1
https://comp2wurcsui.glycosmos.org/
- WURCSRDF/SPARQL
WURCSFramework version 0.0.2 to 0.0.8