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Glyco

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TamikoOno edited this page Dec 13, 2018 · 67 revisions

Glyco group

CAZy RDFization

members: Kiyoko, Nicolas

CAZy schema

Glycan visualization

members: Renji, Tsuchiya

https://docs.google.com/document/d/1BrJYApnHJOJ2VCY3FGlr_A3glyVvrIHCm6mLgXhUoiw/edit?usp=sharing
Renji(12/10 now): 糖鎖構造JSON の変更。 DrawRINGS2内での、JSONパースとデータ構造変換
user -> Webサーバ(ｓｖｇ converter) -> Webサーバ(glycan format converter)
user <- Webサーバ(ｓｖｇ converter) <- Webサーバ(glycan format converter)???

  • 12/11: JSONをパースする処理の実装と、それに伴うJSONの構成の改善
    • Glycan compositionのJSON案の作成

GlyCosmos Pathways

members: Tamiko

Pathwayページの更新

  • テスト環境pathways/indexを更新
  • treeviewにdragとzoomの機能を追加
  • treeviewのパスウェイ名にカーソルを合わせるとReactomeのSummationと該当のReactomeのページへのリンクを表示

Making MCAW RDF

members: Hosoda

Learning SPARQL

GlyTouCan new registration flow

members: Nobuyuki, Daisuke, Masaaki

Document

Pathway visualization

issues#62

members: Akase,Tamiko

  • HEKの糖鎖合成経路の整理 (Akase)
  • RDF作成 (Akase)
    • Reactomeの「Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein」パスウェイについて、controllerのタンパク質に発現量の情報を繋げたRDFを作成した。
  • Ontology作成 (Tamiko)
    • Reactomeのタンパク質から発現量をつなげるためのOntologyを作成した。
    • schema

Conversion tool

members: Tsuchiya

GlycomeAtlasのLinearCodeのWURCS化

WURCSに変換してGlyTouCanからAccession numberを得ることに成功した. Document

Aglyconeの例

  • Ma3(Ma3(Ma6)Ma6)Mb4GNb4GNb;N
  • Ab4GNb3Ab3ANa;S/T
  • Ma2Ma6M[2PE]a4Ua#6Ino(acyl)P
  • Mb4GNb4GNa#PPDol

";" → アミノ酸1文字表記
":" → LinearCode形式の脂質表記
"#" → その他グリコシドなど（パターンは無限にあると思います…）

  • GlycanFormatConverterのAPI化
  • 変換時の環境を出力する処理の実装
    テキスト変換後に, 入力されたテキスト, 入力されたテキストの形式, コンバーターのバージョンを出力する. ユーザーが変換処理を利用して何か問題が発生した場合に, コンバーターの環境がすぐに参照可能な状態にする.

WURCSFrameworkの問題FIX

members: Miura

https://gitlab.com/glycosmos/miura-problems/issues/7 にある課題を解決. 全WURCSへのテストを行って修正版をpush, マージのためのプルリクエストを作成した.-->マージサレマシタ

引き続きissue 17の問題にも取り組み中

composition to WURCS/GlyTouCanID

members: Miura, Kinoshita, Yamada, add members

引数として書く残基の数を与えてWURCS文字列を返す関数を作成.（水）

Docker化してAPI化に取り組む（木・金）

WURCS validator

members: Miura, Yamada

設計の方針は決めた. https://docs.google.com/document/d/1rf_DacNpvZiS3F2WP-IJojS7CARDLW6DWS6uZbT3Zok/edit?usp=sharing

GlycomeAtlas Web Component development

members: Kiyoko, with help from Tsuchiya, Nobu, Renji, Shiota

Tuesday:

  • created GlycomeAtlas version that can take as input: species, tissue and (LinearCode or GlyTouCan ID)
  • looked into BioJS but found that the current Javascript code is not very web component friendly
  • considering a hack to use in GlyCosmos

Wednesday:

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