Glyco

Glyco group

CAZy RDFization

members: Kiyoko, Nicolas

CAZy schema

Glycan visualization

members: Renji, Tsuchiya

https://docs.google.com/document/d/1BrJYApnHJOJ2VCY3FGlr_A3glyVvrIHCm6mLgXhUoiw/edit?usp=sharing
Renji(12/10 now): 糖鎖構造JSON の変更。 DrawRINGS2内での、JSONパースとデータ構造変換
user -> Webサーバ(ｓｖｇ converter) -> Webサーバ(glycan format converter)
user <- Webサーバ(ｓｖｇ converter) <- Webサーバ(glycan format converter)???

• 12/11: JSONをパースする処理の実装と、それに伴うJSONの構成の改善
  • Glycan compositionのJSON案の作成

GlyCosmos Pathways

members: Tamiko

Pathwayページの更新

• テスト環境pathways/indexを更新
• treeviewにdragとzoomの機能を追加
• treeviewのパスウェイ名にカーソルを合わせるとReactomeのSummationと該当のReactomeのページへのリンクを表示

Making MCAW RDF

members: Hosoda

Learning SPARQL

GlyTouCan new registration flow

members: Nobuyuki, Daisuke, Masaaki

Document

Pathway visualization

members: Akase

HEKの糖鎖合成経路の整理

Conversion tool

members: Tsuchiya

• Example REST of GlycoCT to WURCS
• http://wurcs-wg.org/tool/converter/glycoct/wurcs.json?glycoct=RES%0d%0a1b%3aa-dara-HEX-2%3a6%7c2%3aketo%0d%0a2b%3aa-dglc-HEX-1%3a5%0d%0aLIN%0d%0a1%3a1o%283%2b1%292d

GlycomeAtlasのLinearCodeのWURCS化

WURCSに変換してGlyTouCanからAccession numberを得ることに成功した. Document

Aglyconeの例

• Ma3(Ma3(Ma6)Ma6)Mb4GNb4GNb;N
• Ab4GNb3Ab3ANa;S/T
• Ma2Ma6M[2PE]a4Ua#6Ino(acyl)P
• Mb4GNb4GNa#PPDol ; → アミノ酸1文字表記 : → LinearCode形式の脂質表記

→ その他グリコシドなど（パターンは無限にあると思います…）

• GlycanFormatConverterのAPI化
• 変換時の環境を出力する処理の実装
  テキスト変換後に, 入力されたテキスト, 入力されたテキストの形式, コンバーターのバージョンを出力する. ユーザーが変換処理を利用して何か問題が発生した場合に, コンバーターの環境がすぐに参照可能な状態にする.

WURCSFrameworkの問題FIX

members: Miura

https://gitlab.com/glycosmos/miura-problems/issues/7 にある課題を解決. 全WURCSへのテストを行って修正版をpush, マージのためのプルリクエストを作成した.-->マージサレマシタ

引き続きissue 17の問題にも取り組み中

composition to WURCS/GlyTouCanID

members: Miura, Kinoshita, Yamada, add members

引数として書く残基の数を与えてWURCS文字列を返す関数を作成.（水）

Docker化してAPI化に取り組む（木・金）

WURCS validator

members: Miura, Yamada

設計の方針は決めた. https://docs.google.com/document/d/1rf_DacNpvZiS3F2WP-IJojS7CARDLW6DWS6uZbT3Zok/edit?usp=sharing

GlycomeAtlas Web Component development

members: Kiyoko, with help from Tsuchiya, Nobu, Renji, Shiota

Tuesday:

• created GlycomeAtlas version that can take as input: species, tissue and (LinearCode or GlyTouCan ID)
• looked into BioJS but found that the current Javascript code is not very web component friendly
• considering a hack to use in GlyCosmos

Wednesday:

• because of the dependency on jQuery, decided to just make GlycomeAtlas a GitLab Pages with CI
• DONE!! e.g. http://glycomeatlas.glycosmos.org/?GTC=G59522PY&species=Human&tissue=Lung
• Now GlyCosmos just needs to be updated to link to glycomeatlas.glycosmos.org.