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Glyco

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nmiura3 edited this page Dec 15, 2018 · 67 revisions

Glyco group

CAZy RDFization

members: Kiyoko, Nicolas, (issaku)

prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
prefix skos:  <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> 
prefix rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix up: <http://www.purl.uniprot.org/core/>
prefix cazy: <http://www.cazy.org/owl/v1>
SELECT  distinct ?cazy ?label ?comment ?organism ?mechanism
FROM <http://rdf.glycoinfo.org/cazy>
WHERE { 
?cazy dcterms:identifier "CAA30801" .
?cazy skos:altLabel ?label .
?cazy rdfs:comment ?comment .
?cazy rdfs:seeAlso ?db .
?cazy up:organism ?o .
?o up:name ?organism .
?cazy up:annotation ?f .
?family cazy:hasReportedFunction ?f .
?family cazy:hasMechanism ?mechanism .
}

Glycan visualization

members: Renji, Tsuchiya

https://docs.google.com/document/d/1BrJYApnHJOJ2VCY3FGlr_A3glyVvrIHCm6mLgXhUoiw/edit?usp=sharing
Renji(12/10 now): 糖鎖構造JSON の変更。 DrawRINGS2内での、JSONパースとデータ構造変換
user -> Webサーバ(ｓｖｇ converter) -> Webサーバ(glycan format converter)
user <- Webサーバ(ｓｖｇ converter) <- Webサーバ(glycan format converter)???

  • 12/11: JSONをパースする処理の実装と、それに伴うJSONの構成の改善
    • Glycan compositionのJSON案の作成
  • Renji: 最終的には、DrwRINGS2上で普通の糖鎖構造、フラグメント構造のSVGを出力できるようにした。Repeat構造、Cyclic構造、Bridge構造はまだ。 nodeJSでWebサーバの立ち上げることはできた。JavaScriptのES6をnodejs上から呼び出せるようにbabelを使用したトランスパイルを試している途中

GlyCosmos Pathways

members: Tamiko

Pathwayページの更新

  • テスト環境pathways/indexを更新
  • treeviewにdragとzoomの機能を追加
  • treeviewのパスウェイ名にカーソルを合わせるとReactomeのSummationと該当のReactomeのページへのリンクを表示

Making MCAW RDF

members: Hosoda

GlyTouCan new registration flow

members: Nobuyuki, Daisuke, Masaaki

Document

Pathway visualization

issues#62

members: Akase,Tamiko

  • HEKの糖鎖合成経路の整理 (Akase)
  • RDF作成 (Akase)
    • Reactomeの「Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein」パスウェイについて、controllerのタンパク質に発現量の情報を繋げたRDFを作成した。
    • endpoint : https://test.ts.glycosmos.org/sparql
    • Sample SPARQL Query
prefix MGED:<http://mged.sourceforge.net/ontologies/MGEDOntology.owl#>
prefix sio:<http://semanticscience.org/resource/>
SELECT DISTINCT *
WHERE {
?protein  MGED:has_result ?result .
?result sio:SIO_000216 ?MeasurementValue .
?MeasurementValue sio:SIO_000300 ?m_value .
}

  • Ontology作成 (Tamiko)

    • Reactomeのタンパク質から発現量をつなげるためのOntologyを作成した。
    • schema

  • Sparqlist作成 （Tamiko）

    • SPVで糖鎖合成経路を描画するためのパラメータを取得するSparqlistを作成。
    • pathway_viewer_SPV_glycan

Conversion tool

members: Tsuchiya

GlycomeAtlasのLinearCodeのWURCS化

WURCSに変換してGlyTouCanからAccession numberを得ることに成功した. Document

12/12 GlycomeAtlasのAccession numberが登録されていないエントリーにナンバーを定義した.

Aglyconeの例

  • Ma3(Ma3(Ma6)Ma6)Mb4GNb4GNb;N
  • Ab4GNb3Ab3ANa;S/T
  • Ma2Ma6M[2PE]a4Ua#6Ino(acyl)P
  • Mb4GNb4GNa#PPDol

";" → アミノ酸1文字表記
":" → LinearCode形式の脂質表記
"#" → その他グリコシドなど（パターンは無限にあると思います…）

  • GlycanFormatConverterのAPI化
  • 変換時の環境を出力する処理の実装
    テキスト変換後に, 入力されたテキスト, 入力されたテキストの形式, コンバーターのバージョンを出力する.br ユーザーが変換処理を利用して何か問題が発生した場合に, コンバーターの環境がすぐに参照可能な状態にする.br

12/12 GlycanFormatConverterをAPI化するためのフレームワークの雛形を作成した.br 何を参考にするかよくわからないため, Spring bootの勉強を行いながら実装をする.br localhostで変換したい文字列を指定し, 任意のテキスト形式へ変換することに成功した.br

12/13 LCのアグリコンのパースを行う.br GlycanFormatConverterにおいてアグリコンを定義する.br この値はJSONでも扱えるようにする.br

APIをConverter-apiと名付けてプッシュした. Document

12/14

  • Converter-apiの実行環境などを調整してもらいビルドを行った. テスト環境でのデプロイに成功したため, 変換ツールのAPI化に(恐らく)成功した. 時間の都合上GitLabのドメインにアクセスして実行可能か試していないが, localhostでのテストに成功したため問題はなさそう.

WURCSFrameworkの問題FIX

members: Miura

https://gitlab.com/glycosmos/miura-problems/issues/7 にある課題を解決. 全WURCSへのテストを行って修正版をpush, マージのためのプルリクエストを作成した.-->マージサレマシタ

引き続きissue 17の問題にも取り組み中

composition to WURCS/GlyTouCanID

members: Miura, Kinoshita, Yamada, add members

引数として書く残基の数を与えてWURCS文字列を返す関数を作成.（水）

Docker化してAPI化(木）

Developed WURCS validator

members: Miura, Yamada

We decided to make a class for standardization and validation named WURCSGraphStandardization. The argument is WURCS string, and return value is standardized WURCS string or Error code and additional error information.

下記のクラスを再利用しながら作成していく. throwsで止められているところの処理をなんとかしてエラーを返すようにする. エラーメッセージを整理してエラー番号をふる.

  • WURCSImporter

  • ArrayToGraph

  • WURCSGraphNormalizer

  • GraphToArray

  • Error message corresponding to Error code are in new class of WURCSError

参考

GlycomeAtlas Web Component development

members: Kiyoko, with help from Tsuchiya, Nobu, Renji, Shiota

Tuesday:

  • created GlycomeAtlas version that can take as input: species, tissue and (LinearCode or GlyTouCan ID)
  • looked into BioJS but found that the current Javascript code is not very web component friendly
  • considering a hack to use in GlyCosmos

Wednesday:

Composition to WURCS API

組成を表す数字(221201, 頭からHex, HexNAc, Fuc, NeuAc, NeuGc, core((Man)3(GlcNAc)2)の有無の数）で表される組成をWURCSに変換するプログラムを作成, API化. https://gitlab.com/glycosmos/glycan-composition-to-wurcs-string/blob/master/README.md

Composition to GlyTouCan ID UI

https://comp2wurcsui.glycosmos.org/

Update Software

members: Issaku

  • WURCSRDF/SPARQL

WURCSFramework version 0.0.2 to 0.0.8

GlyTouCan Web Components

members: Aoki

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