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Datos en el resonador Bruker

Luis Concha edited this page Jul 30, 2020 · 2 revisions

Datos en el resonador Bruker

Dónde están los archivos

Los escaneos se graban en /mnt/pvDatasets?/USER, donde ? significa, a la fecha de hoy (29 de julio de 2020), los números 1 al 3, y USER indica el nombre del usuario (casi todos usan nmrsu, pero existen otros, como grvite o labgarza. Las carpetas pvDatasets? son discos físicos que se han ido agregando en la medida en que se han ido llenando. Así, uno espera encontrar datos más viejos en el disco 1, y datos más nuevos en el disco 3 (/mnt/pvDatasets3).

Todos los archivos se respaldan de manera manual con el script /home/nmrsu/software/tools/backup_pvDatasets. Este es un script que Luis Concha corre de vez en cuando, sin una agenda pre-establecida. No es conveniente programar que corra automáticamente (por ejemplo en crontab) porque puede interferir con un escaneo que suceda al mismo tiempo. Por eso, Luis lo pone a correr a veces, en la noche, cuando se da cuenta que nadie está usando el resonador. No es la mejor estrategia, pero es la que hay ahorita. El respaldo está localizado en /mnt/sesamo8/, y contiene las carpetas pvDatasets?. Se graban los datos de todos los usuarios (es decir, todas las subcarpetas USER en /mnt/pvDatasets?)

⚠️ Los respaldos no incluyen dicoms. La razón es que estos se pueden volver a generaar a partir del resto de la estructura de archivos de Bruker.

Cómo checar espacio en discos

Es fácil, se usa el comando df. Por ejemplo:

[nmrsu@CZC4431XB6 ~]$ df -h
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/VolGroup00-LogVol00
                      893G  812G   36G  96% /
/dev/sda1              99M   27M   68M  29% /boot
tmpfs                 7,9G   12K  7,9G   1% /dev/shm
/dev/sdb1             3,6T  3,4T  8,0G 100% /mnt/pvDatasets2
/dev/sdc2             2,7T  2,6T     0 100% /mnt/pvDatasets3
sesamo8:/volume1/bruker
                       53T   34T   19T  64% /mnt/sesamo8

En este ejemplo, vemos que /mnt/pvDatasets2 y /mnt/pvDatasets3 están llenos.

Cómo borrar archivos.

Opción 1

El script /home/nmrsu/software/tools/borra_lo_respaldado.sh Hace la vida fácil. Este script solo corre en la carpeta /mnt/pvDatasets?/USER de cada USER. Es decir, nmrsu no le puede borrar datos a grvite, por ejemplo. Si grvite quiere borrar sus archivos con este script, debe copiar el script a su cuenta. El script es fácil de usar, y tiene un help que se despliega si se invoca sin argumentos:

[nmrsu@CZC4431XB6 ~]$ borra_lo_respaldado.sh 
ERROR: Especifica un prefijo.

  borra_lo_respaldado.sh <prefijo> [opciones]

Ejemplo:

  borra_lo_respaldado.sh 202002
    --> borrara todas las carpetas que inicien con 202002
        eso significa que todo lo de febrero de 2020 sera borrado
        pero solo si ya esta respaldado.


Opciones:
 -deveras   De verdad borra. El default es nada mas avisar.

PLUS:
  <prefijo> puede contener wildcards.
            Por ejemplo 202002*ventriculomegalia borraria carpetas de 
            febrero de 2020 que tengan la cadena de caracteres ventriculomegalia.


ATENCION:
  Esta configurado para buscar los datos en /mnt/pvDatasets3/nmrsu
                           y el respaldo en /mnt/sesamo8/pvDatasets3/nmrsu

Opción 2

Si ya tienes una lista de las carpetas que quieres borrar, ponla en un archivo de texto simple y utiliza el script borra_con_lista.sh.

[nmrsu@CZC4431XB6 ~]$ borra_con_lista.sh 
ERROR: Especifica una archivo con la lista de carpetas a borrar

  borra_lo_respaldado.sh <lista.txt> [opciones]

El archivo lista debe contener una carpeta por línea,
con el nombre de la carpeta relativo a /mnt/pvDatasets3/nmrsu

Ejemplo:

  borra_lo_respaldado.sh datosquepuedoborrar.txt

Opciones:
 -deveras   De verdad borra. El default es nada mas avisar.

ATENCION:
  Esta configurado para buscar los datos en /mnt/pvDatasets3/nmrsu
                           y el respaldo en /mnt/sesamo8/pvDatasets3/nmrsu

⚠️ El usuario nmrsu es usado por varias personas (Juan Ortiz, Eduardo Garza, Luis Concha, Sarael Alcauter). Entonces, usar estos scripts como nmrsu puede borrar archivos de otras personas. Muuuucho cuidado al momento de especificar el prefijo o la lista que van en el script.

🚧 En el futuro cercano, cuando llegue la nueva consola con Paravision 7, tendremos cuentas para cada laboratorio, y se evitará el riesgo antes planteado.

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