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生物信息学数据库

Wisp 内置 24 个 MCP server，覆盖大约 80 个公开的生物与化学数据库。你不用配端点、不用读 API 文档——你问问题，agent 挑数据库。

"P53_HUMAN 在 UniProt 里怎么注释的，有对应的结构吗？" → mcp-protein-annotation + mcp-structures-interactions

"pembrolizumab 在 NSCLC 上有正在进行的三期试验吗？" → mcp-clinical-trials

"这个变异的 gnomAD 频率和 CADD 分数" → mcp-variants

这些随安装包一起分发——不需要源码树，不需要手动安装。位置在 mcp-servers/bio-tools/。

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按领域分

文献

Server	数据源
mcp-pubmed	PubMed 检索与获取
mcp-literature	OpenAlex、arXiv
mcp-biorxiv	bioRxiv 预印本

另可访问：Europe PMC 全文。

基因、基因组与本体

Server	数据源
mcp-genomes	Ensembl REST、UCSC tracks
mcp-genes-ontologies	MyGene、GO / QuickGO、OLS 本体
mcp-biomart	BioMart 查询
mcp-rna	Rfam 家族

变异与人类遗传学

Server	数据源
mcp-variants	gnomAD、CADD
mcp-human-genetics	GWAS Catalog、eQTL Catalogue、PheWeb
mcp-clinical-genomics	ClinVar、dbSNP、ClinGen、CIViC

表达与调控

Server	数据源
mcp-expression	GTEx、Human Protein Atlas、表达图谱
mcp-regulation	ENCODE、JASPAR、UniBind
mcp-cellguide	CellxGene 细胞类型参考
mcp-omics-archives	GEO、ArrayExpress、PRIDE、MetaboLights、MGnify

蛋白、结构与相互作用

Server	数据源
mcp-protein-annotation	UniProt、InterPro 结构域
mcp-structures-interactions	PDB、AlphaFold DB、EMDB、IntAct、STRING、Complex Portal

化学与药物

Server	数据源
mcp-chemistry	PubChem、ChEBI、Rhea、BindingDB
mcp-chembl	ChEMBL 生物活性、靶点、药物检索
mcp-zinc	ZINC22 可购化学空间（CartBlanche22）
mcp-drug-regulatory	openFDA 标签与 Drugs@FDA

临床与转化

Server	数据源
mcp-clinical-trials	ClinicalTrials.gov，支持 ESSIE 查询语法
mcp-cancer-models	Sanger Cell Model Passports、DepMap、cBioPortal
mcp-research-resources	Antibody Registry、Grants.gov、KEGG、Reactome

聚合

Server	是什么
mcp-bio	一个聚合检索 server，横跨 22 个领域、194 个工具——当问题没法干净地落到某个专用 server 上时的兜底

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另一个内置 server

ketcher-chemistry 提供 Ketcher 化学结构编辑器作为交互式组件——直接在对话里画分子或改结构，不用拿 SMILES 描述。

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接入你自己的

Wisp 是标准 MCP 客户端（stdio JSON-RPC）。你已经在用的任何 MCP server 都能接进来。在 设置 → 连接 里添加，每个 server 的工具可以逐个设为 允许 / 询问 / 拒绝——不是一个开关全给。

需要留意的

• 查询会离开你的机器。 这些是公开数据库，查询词会发给对方。这本来就是它们的用途，但当查询本身敏感时值得注意——未发表的靶点名、患者的变异。
• 速率限制是真的。 有些数据源（尤其 NCBI）配了 API key 会快得多。在 设置 → 凭据 里填，存在操作系统钥匙串里。
• 检索不等于验证。 一条记录出现在数据库里不代表它经过同行评议。需要为结论负责时，bear-* 技能才是去啃真实文献的那个。