Mac_app

個別での演習環境の準備については対応いたしかねます。あらかじめご了承ください。

このページでインストールするソフトウェアは主に以下の講義で使用する予定です。

• NGS基本データフォーマット
• クオリティコントロールとNGS基本ツール
• エディタとスクリプト

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Macに解析用ソフトウェアをインストール

1. Mac UNIX環境構築ガイド に従って、Command Line Tools と Homebrew をインストール

2. Homebrew の formula を最新のものに更新

brew update

3. Homebrew に生物学用のformulaが収録されている brewsci/bio を tap で追加する

brew tap brewsci/bio

4. Homebrew を用いて各種ソフトウェアをインストール

brew install bowtie2
brew install fastqc
brew install seqkit
brew install cutadapt
brew install sratoolkit
brew install samtools
brew install emacs

5. python3 のバージョンを確認

python3 -V

• Python 3.9.6 か、それ以上（3.10, 3.11...等）と出ればOK。　「8」に進む
• もし、python3 not found と出たり、低いバージョンが出た場合は「6」に進むこと。

6. Homebrew を用いて python3系をインストール

brew install python3

• 自分のシェルを確認

echo $SHELL

ここで、/bin/zsh と出た場合は、pip3はフルパス /usr/local/bin/pip3 で実行する必要がある

8. pip3 で pythonの数値計算用ライブラリ numpy と、HTSeq をインストール

pip3 install numpy
pip3 install HTSeq

• brewでインストールしたpython3を使い、シェルがzshの場合：

/usr/local/bin/pip3 install numpy
/usr/local/bin/pip3 install HTSeq

9. fastqc の起動確認

• ターミナルでfastqcと実行し、FastQCの画面が起動すればOK
  

10. 最後に：インストールしたソフトがそのまま実行できない場合、システム設定の変更が必要

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システム環境設定 - プライバシーとセキュリティ - プライバシー - デベロッパツール

ターミナル.app にチェック → Macのパスワード入力が促され、ターミナルが再起動されます

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参考：

• Homebrew(パッケージ管理システム）(wikipedia)
• Homebrewの使い方と用語集
• python (wikipedia)
• pip (wikipedia)