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復習問題１ UNIX 基本コマンド

計算機を利用する受講生と自分のPCを利用する聴講生では演習環境に差が生じるため、各問題において作業ディレクトリを適宜読み替えること。
例: ~/gitc/data/1_unix 等と記載している場合、利用者各自の判断で ~/Desktop/gitc/data/1_unix と読み替える など。

（＊ 印は応⽤問題です。時間に余裕があればトライしてみてください）

1. 以下のコマンドを実⾏せよ。

   1. ~/gitc/data/1_unix/exercise ディレクトリに移動せよ。ホームディレクトリにgitcフォルダがない場合は~/Desktop/gitc/data など適宜読み替えよ。
   2. カレントディレクトリ（現在のディレクトリ）の名前を確認せよ。
   3. カレントディレクトリの内容を表⽰せよ。
   • （使⽤するコマンド：cd pwd ls）

2. ~/gitc/data/1_unix/exercise ディレクトリ内にはHuman, Mouse の遺伝⼦配列FASTA ファイル（拡張⼦が .fasta のファイル）がある。これらを、⼀旦全てコピーしてから、⽣物種ごとのディレクトリに分けて保存したい。

   1. 新しく ~/gitc/data/1_unix/exercise 内に test ディレクトリを作成せよ
   2. ワイルドカード「＊」を使って全ての FASTA ファイルを test の中へ、コピーせよ
   3. 正しくコピーされたかを確認するために、test ディレクトリの内容を表⽰せよ。
   4. test ディレクトリに移動せよ。
   5. 下記の名前で新しいディレクトリを２つ作成せよ。
      • Human
      • Mouse
   6. ファイル名に HUMAN.fasta を含むファイルは Human ディレクトリへ、MOUSE.fasta を含むファイルは Mouse ディレクトリへ、ワイルドカード「＊」を使って移動させよ。
   7. 正しく移動されたかを確認するために、Human, Mouse ディレクトリの内容を表⽰せよ。
   • （使⽤するコマンド：cd cp mkdir mv ls）

3. 移動させたFASTA ファイルは、1 ファイルに1 つの配列しか⼊っていない。これらを連結してマルチFASTA ファイルを作成する。

   1. Mouse ディレクトリに移動せよ
   2. cat コマンドおよびワイルドカードを使⽤して、全てのFASTA ファイルの内容を画⾯に出⼒してみよ。
   3. 上記の出⼒をリダイレクト「＞」を使って、mouse.fasta というファイルに書き出せ。
   • （使⽤するコマンド：cd cat ）

4. 作成した mouse.fasta ファイルには、いくつの遺伝⼦配列が含まれているかを知りたい。

   1. mouse.fasta から、遺伝⼦配列名を表す⾏（「＞」で始まる⾏）を検索せよ。
   2. 上記の出⼒をリダイレクト「＞」を使って、mouse_list というファイルに書き出せ。
   3. mouse_list の⾏数を調べよ。
   4. mouse_list というファイルを作らずに、遺伝⼦配列名を表す⾏の数を数えよ（パイプ「｜」を使うこと）
   • （使⽤するコマンド：grep wc ）

5. ＊ ~/gitc/data/1_unix/exercise/test/Human ディレクトリのバックアップを作成してから削除する。

   1. ~/gitc/data/1_unix/exercise/test ディレクトリに移動せよ
   2. Human ディレクトリの圧縮アーカイブを tar コマンドを使って human.tar.gz として作成せよ ( tar のオプションは zcvf を使⽤する)。
   3. 作成した、圧縮アーカイブの中⾝を確認せよ( tar のオプションは ztvf を使⽤する)。
   4. 確認できたら Human ディレクトリを削除せよ。

6. ＊ UNIX にはファイル検索に⽤いる find という⾮常に便利なコマンドがある。man コマンドを使⽤して find コマンドの使⽤⽅法を調べよ。この find コマンドを使⽤してホームディレクトリのどこか（ホームディレクトリ直下とは限らない）にある 2D2L_rep1_R1.fastq というファイルを探してみよう。