R function

マニュアルの参照
help, ?	マニュアルの参照　　例）help(help), ?help
help.start	Webブラウザ上でマニュアルを表示　　例）help.start()

基本演算子
<-, =, ->	代入　　例）a <- 3
+, -	加算、減算　　例）a + 4
*, /	乗算、除算　　例）a * 5
%/%, %%	整数除算、剰余　　例）a %/% 2
^	累乗　　例）a ^ 2
&, ｜	論理積（かつ）、論理和（または）　　例）a > 2 & a < 5
>, >=, <, <=	不等号　　例）a > 2
==, !=	等しい、等しくない　　例）a == 4
:	始点・終点の間で連続する整数値ベクトルの生成　　例）3:7

作業ディレクトリ
setwd	作業ディレクトリの設定　　例）setwd("~/data")
getwd	作業ディレクトリの確認　　例）getwd()

ベクトルの作成・操作
c	ベクトルの作成　　例）v <- c(1,5,2,9,7)
[]	ベクトル要素の参照　　例）v[c(3,5)]　3, 5番目の要素を抽出
length	ベクトルの長さ(要素数)　　例）length(v)
sum	ベクトルの要素の合計値　　例）sum(v)
mean, median	ベクトルの要素の平均値、中央値　　例）mean(v), median(v)
var, sd	ベクトルの要素の不偏分散、標準偏差　　例）var(v), sd(v)
sort	ベクトルの要素を大きさの順に並べ替える　　例）sort(v)

プロットの作成
plot	プロットの作成　　例）plot(v) 点でプロット　plot(v, type="l") 線でつなぐ 　　その他のオプションはテキスト参照
points	既存のプロット上に別の点集合を重ねて描画する　例）points(v2)
lines	既存のプロットの上に別の線を重ねて描画する　　例）lines(v3)
barplot	棒グラフの作成　　例）barplot(v)
par	グラフィックス出力のパラメータ設定を変更　　 　例）par(mfrow=c(1,2)) ２つのプロットを横に並べて描画

行列の作成・操作
matrix	行列の作成　　例）m1<-matrix(1:9,3,3)
cbind	ベクトルを列(縦)方向に並べて行列を作成　　例）m2<-cbind(a,b,c)
rbind	ベクトルを行(横)方向に並べて行列を作成　　例）m3<-rbind(a,b,c)
t	転置行列(行列の行と列を入れ換え)　　例）t(m1)
[]	行列・データフレームの要素参照　　例）m1[2,4]
dim	行列・データフレームの次元(行数、列数)を表示　　例）dim(m1)
nrow, ncol	行列・データフレームの行数、列数　　例）nrow(m1)
%*%	行列積　　例）m1 %*% m2

データフレームの読み書き・操作
read.table	表形式のテキストファイルからデータフレームにデータを読み込む 　例）dframe<-read.table("file", sep="\t", header=TRUE)
read.delim	同上。デフォルトのセパレータがタブ　　例）read.delim("file")
read.csv	同上。デフォルトのセパレータがコンマ　　例）read.csv("file")
write.table	データフレームをテキストファイルに書き出す 　例）write.table(dframe, sep="\t", file="output.txt")
head	先頭数行の表示　　例）head(dframe)
summary	列ごとにデータの要約を表示　　例）summary(dframe)
subset	データフレームから指定した条件を満たす行を抜き出す 　例） subset(dframe, gender==”female”)
$	データフレームの列全体を名前で参照　　例）dframe$gender

統計処理
pairs (plot)	データフレームの各カラム総当たりの散布図の作成　　例）pairs(dframe) または plot(dframe)
~（チルダ）	モデル式の定義　　例）y ~ x1 + x2　 yを目的変数、x1, x2を説明変数としたモデル
lm	線形モデルへの当てはめ(回帰分析、分散分析)　　例） result.lm <- lm(y ~ x, dframe)
abline	回帰直線を引く（あらかじめplotで作成された散布図の上に上書き） 　例）abline(result.lm)
boxplot	箱ひげ図の作成　　例）boxplot(y ~ gender, dframe) 　データフレームからカラムyを目的変数とし、カラムgender(因子)の値ごとに分けて分布をとった箱ひげ図を作成
t.test	t検定の実行(2標本の平均値の差の検定など)　　例）t.test(x, y)
aov	分散分析の実行 (線形モデルを用いて各因子(説明変数)の目的変数への影響の大きさを評価する。3標本以上の平均値の差の検定など) 　　例）summary(aov(y ~ stage, dframe))
table	与えられたベクトルにおける要素の頻度、または行列における要素の組合せの頻度をカウントしたテーブルを作成する 　　例）table(dframe$gender)

オブジェクトデータの管理
ls	定義されたオブジェクト(変数)の一覧を表示　　例）ls()
rm	オブジェクトのワークスペースからの削除　　例）rm(obj)
save	オブジェクトをファイルに保存　　例）save(obj1,obj2,obj3,file="my.Rdata")
save.image	現在のワークスペース中のオブジェクトをすべて保存する　　例）save.image("my.RData")
load	保存したオブジェクトをファイルからロードする　　　例）load("my.Rdata")

リスト・オブジェクト・クラス
list	リストの作成　　例）l <- list(1, “a”)
class	オブジェクトのクラス名の表示　　例）class(obj)
str	オブジェクトの内部構造を表示　　例）str(obj)

総称関数
print	オブジェクトの内容を表示　　例）print(result)
summary	オブジェクトの内容を要約して表示　　例）summary(result)
plot	オブジェクトの種類に応じたプロットの作成　　例）plot(result)

関数・プログラムの作成
function	関数の作成　　例） square <- function(x) { return(x^2) }
source	ファイルからプログラム（関数定義など）を読み込んで実行する 　例） source("program.R")

パッケージの利用
install.packages	パッケージのインストール　　例）install.pacakges("MASS")
update.packages	パッケージの更新　　　例）update.packages("MASS")
library	パッケージのロード　　例）library("MASS")
help(package=#)	パッケージのヘルプ　　例）help(package="MASS")
biocLite	Bioconductorパッケージのインストール 　例）source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 　　　biocLite("edgeR")