Tips for working with Dummy Atoms JP

ダミー原子・ゴースト原子を扱う

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MoleditPy の標準 3D ビューアーで、ダミー/ゴースト原子を含む XYZ 座標を開けます。この表示にプラグインは不要です。座標の表示と力場による最適化は条件が異なり、ダミーは MMFF/UFF の通常の元素パラメータを持つ原子ではありません。

ゴースト原子を含む XYZ を開く

1. 先に現在の作業を .pmeprj に保存します。ビューアー専用の読み込みは 2D キャンバスを消去します。
2. File > Import > 3D XYZ (3D View Only)... でファイルを選びます。
3. 3D ビューで位置と推定された結合を確認します。編集可能な新しい 2D 図ではなく、座標として読み込まれます。

例えば、次の XYZ は実原子 2 個とゴースト点 1 個です。

3
H2 with a ghost point
H  0.000  0.000  0.000
H  0.740  0.000  0.000
XX 0.370  0.000  1.000

ダミーの記号や未知の元素ラベルは内部で RDKit のワイルドカード * に変換されます。XX : 0.370 0.000 1.000 のような区切り列も扱えます。ダミーがある場合は化学的な結合次数の決定・サニタイズをスキップし、距離から結合を推定します。推定に失敗しても結合なしで表示します。表示された線がゴースト点との化学的な結合を意味するわけではありません。

最適化と編集

• ダミーを含む構造全体を MMFF/UFF で最適化できるとは限りません。通常の実原子と同じ物理パラメータがありません。
• 単なるプローブ・目印の場合は、先に実分子を最適化してから座標ファイルに点を追加します。
• 表形式の座標編集には任意の XYZ Editor プラグインを利用できます。プラグインの使い方 に従い、通常起動で使用します。セーフモードでは読み込みません。
• 独自ラベルが重要な場合は元の XYZ を保持してください。内部ではワイルドカードに正規化されるため、すべての入力ラベルがそのまま出力されると仮定せず、出力記号と受け取り先の解釈を確認します。

うまくいかない場合

症状	確認すること
2D 図が消えた	XYZ 読み込みは 3D 専用表示です。保存したプロジェクトを開いて 2D 作業へ戻ります
結合が違う・足りない	XYZ に明示的な結合次数はありません。必要に応じて結合情報のある MOL/SDF を使います
最適化が失敗する	ダミー点を除いて実分子を最適化した後、点を戻します
独自ラベルが変わる	元ファイルを残し、出力座標の記号を確認します

ファイル形式、3D 編集、力場の選択 も参照してください。