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目次

• コマンドと Python 環境
• 方法 A: moleditpy-installer（推奨）
• 方法 B: venv + pip を手動で使う
• 関連ページ

コマンドと Python 環境

python -m moleditpy_installer を推奨します。 moleditpy-installer も同じインストーラーを起動する有効なコマンドです。モジュール形式は実行ファイルの PATH に依存せず、指定した Python を使えます。導入も同じ環境で python -m pip install moleditpy-installer と実行してください。

以下の python は導入先の Python を指します。macOS/Linux で環境を有効化していない場合は python3 または環境内の Python を明示します。クイックスタート に導入・設定の 2 行を掲載しています。仮想環境は任意の選択肢です。

MoleditPy 5 は Windows・macOS・Linux で同じ moleditpy パッケージを使用します。Python 3.9〜3.14 に対応し、GUI は PySide6-Essentials を使用します。Open Babel は本体の依存関係にも同梱ライブラリにも含まれません。既存の Linux 環境では moleditpy-linux と openbabel-wheel を削除してから統合パッケージを導入してください。本体の変換は RDKit と Direct フォールバックを使い、追加の最適化エンジンは別プラグインで導入します。

Python を使うのが初めての場合: python --version（または python3 --version）が動かないときは、先に Python と pip のインストール を済ませてください。

MoleditPy は Python 3.9〜3.14 に対応します。GUI は PySide6-Essentials を使い、Python 3.9 では Qt 6.9、それ以外では Qt 6.10〜6.11 を pip が自動選択します。

はじめに — Linux では起動時のトラブルがよくあります。 Linux のデスクトップ環境は多様で（X11 か Wayland か、GPU ドライバ、Mesa のバージョン、仮想マシンやリモートセッションか）、MoleditPy は起動時に 3D ビューを OpenGL/VTK 上に直接構築し、フォールバックを持ちません。そのため、初回起動でウィンドウが真っ白になったり、そのままクラッシュしたりすることが結構な確率で起こります。その原因はほぼ常にインストールの失敗ではなくグラフィックススタック側です。該当した場合は、入れ直す前にまず下の 起動時にウィンドウが真っ白になる、または GL エラーが出る を参照してください。

前提条件

• Python 3.x がインストールされていること。
• pip が使えること。venv は仮想環境を選ぶ場合に使います。

方法 A: moleditpy-installer（推奨）

moleditpy-installer は全 OS 共通の moleditpy をインストールし、アプリケーションメニュー用の .desktop エントリ、デスクトップショートカット、.pmeprj の MIME タイプ/ファイル関連付けを登録できます。

1. 次の 2 行を順番に実行します。

   python -m pip install moleditpy-installer
   python -m moleditpy_installer

   本体の moleditpy も自動で入ります。インストーラーの対話画面で項目を選び Install を押すと、ショートカットと関連付けを設定できます。
2. moleditpy で起動します。

Debian/Ubuntu では Qt 用に sudo apt install libxcb-cursor0 が必要な場合があります。python がない場合は python3 -m moleditpy_installer を使ってください。

仮想環境の作成は通常の導入手順とは分けています。システムの Python が externally-managed-environment エラーを出す場合や、環境を分離したい場合は、以下の方法 B または Python と pip の手順を使ってください。

詳細なオプションは Installer README、手動ランチャーは Shortcut (Linux) を参照してください。

方法 B: venv + pip を手動で使う

1. 仮想環境を作成して有効化する
   ターミナルを開き、以下のコマンドで moleditpy という名前の仮想環境を作成して有効化します。

   python3 -m venv moleditpy  
   source moleditpy/bin/activate

2. パッケージをインストールする
   pip で Linux 専用パッケージをインストールします。

   python -m pip install MoleditPy

3. システムの依存パッケージをインストールする
   Qt が正しく動作するために、OS レベルのこのライブラリが必要になることがあります。
   # Debian/Ubuntu 系の場合

   sudo apt install libxcb-cursor0

4. アプリケーションを実行する
   ターミナルで名前を入力すれば起動できます。

   moleditpy  

   インストールされたバージョンは moleditpy --version で確認できます。

アップグレードとアンインストール

python -m pip install MoleditPy

python -m moleditpy_installer --uninstall   # ショートカット/MIME 登録にインストーラーを使った場合
python -m pip uninstall moleditpy

起動時にウィンドウが真っ白になる、または GL エラーが出る

libxcb-cursor0 を入れてもアプリが描画されない、あるいは起動時にクラッシュする場合、よくある原因は2つの環境変数でカバーできます。この2つは別々の問題に対処する独立したもので、環境によっては片方だけ、あるいは両方必要になります — WSLg や、ソフトウェアレンダリングで Wayland デスクトップを動かしている仮想マシンは、2つの条件を同時に満たします。

# 1. Wayland セッションの場合: Qt を X11 (xcb) プラットフォームプラグインに固定する
QT_QPA_PLATFORM=xcb moleditpy

# 2. ソフトウェアレンダリング / 仮想マシン / リモートデスクトップの場合: Mesa が報告する OpenGL バージョンを上げる
MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.2 MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=150 moleditpy

# 3. 両方の条件に当てはまる場合（例: WSLg、GPU パススルーなしの Wayland 仮想マシン）
QT_QPA_PLATFORM=xcb MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.2 MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=150 moleditpy

この書き方では、環境変数はその1回の起動にだけ適用されます。シェルの設定ファイルやシステムには何も書き込まれないので、うまくいかなくても痕跡は残らず、それぞれ安心して試せます。恒久的に設定するのは、どれが必要か分かってからにしてください（この節の最後を参照）。

それぞれが当てはまる条件:

• QT_QPA_PLATFORM=xcb は、Qt の wayland プラグインが正しく動かない Wayland セッション向けです。echo $XDG_SESSION_TYPE で確認できます。これはディストリビューションのバージョンとは関係ありません — GNOME は Ubuntu では 22.04 以降、Fedora ではさらに前から Wayland が既定です。なお xcb を強制するとウィンドウが XWayland 経由になるため、HiDPI や分数スケーリングの表示が悪化することがあります。本当に必要な場合だけ使ってください。
• MESA_GL_VERSION_OVERRIDE / MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE は、Mesa の compatibility profile が報告する OpenGL バージョンが 3D ビューの VTK パイプラインの要求に満たない環境向けです。典型的には、ソフトウェアレンダリング（llvmpipe）、仮想マシン、VNC/リモートデスクトップ、WSLg、古い内蔵 GPU ドライバなどです。glxinfo | grep "OpenGL version" で確認できます。これらの変数は報告されるバージョンを固定するため、ドライバがすでに 4.x を報告しているマシンではむしろバージョンを下げ、使える描画機能を減らしてしまいます。本当にバージョンが低い場合以外は設定しないでください。

上記2つのチェックで自分の環境に何が当てはまるか判断してください。片方だけでは直らず、かつ両方のチェックに当てはまる場合は、2つを併用します。必要なものが分かったら、恒久的に設定します。ターミナルから起動する場合は ~/.bashrc に export 行を追加し、メニューから起動する場合は同じ変数を .desktop ランチャーの Exec= 行に埋め込みます（Exec=env QT_QPA_PLATFORM=xcb moleditpy %f。Mesa の変数も必要ならそれも並べて指定します）。Shortcut (Linux) を参照してください。これらで解決しない場合は Troubleshooting Common Issues を参照してください。

Raspberry Pi

Raspberry Pi OS で MoleditPy が起動時にクラッシュする、または描画されない場合は、Troubleshooting Launch Issues on Raspberry Pi を参照してください。

関連ページ

• Shortcut (Linux) — .desktop ランチャーとファイル関連付けを手動で作成する
• Installation for Windows / macOS / with Docker
• Troubleshooting Common Issues
• Troubleshooting Launch Issues on Raspberry Pi